Statsadvokat Rafael Curruriche sier i en videomelding til mediene at en klage fremsatt av en ikke navngitt utlending har skapt stor bekymring fordi den gjelder påstander om mishandling av barn.
Curruriche sier målet med razziaen var å lete etter dokumenter som eventuelt kan støtte opp under anklagene.
Aksjonen skjer en uke etter at riksadvokat Angel Pineda skrev til sin kollega i den amerikanske delstaten Texas og ba om hjelp til å sjekke anklager om at Redd Barna og andre bistandsgrupper kan være delaktige i utnyttelse av barn. Påtalemyndigheten har ikke sagt noe om hvorvidt de har fått svar fra Texas.
Curruriche og Pineda har blitt anklaget for å prøve å undergrave demokratiet i Guatemala ved å hindre kampen mot korrupsjon og delta i et mislykket forsøk på å hindre at korrupsjonsmotstander Bernardo Arevalo ble landets president. Disse handlingene har ført til at over 40 land har ilagt dem sanksjoner, inkludert USA og EU.
Guatemala er både opprinnelsesland og transittland for mange migranter som ønsker å komme seg til USA.
Redd Barna har jobbet i landet siden 1976. De har foreløpig ikke kommentert razziaen, men sa i en uttalelse sist uke at de er kjent med beskyldningene, men ikke har noen beviser for at de stemmer.
– Vi tar beskyldninger knyttet til barns sikkerhet svært alvorlig og har mekanismer for uavhengig gransking og grundig etterforskning, sa organisasjonen, som legger til at den vil fortsette sin humanitære innsats for migrantbarn.